La cirugía elimina la endometriosis, las lesiones del endometrio, el tejido cicatricial y las adherencias, pudiendo mantener o no, dependiendo de cada caso, los órganos reproductores. El especialista puede realizar este procedimiento por vía laparoscópica o mediante cirugía tradicional abdominal en casos más extensos. 

En la cirugía laparoscópica se inserta a través de una pequeña incisión en el abdomen un instrumento delgado para facilitar la visualización. Guiado por un laparoscopio el médico introduce los instrumentos a través de otra pequeña incisión para extraer los implantes de endometrio. 

-Histerectomía

En los casos graves de endometriosis, la cirugía para extirpar el útero y el cuello uterino, así como los dos ovarios puede ser el mejor tratamiento. La histerectomía por sí sola puede no ser efectiva, el estrógeno de los ovarios puede estimular la producción de cualquier resto de la endometriosis y causar dolor de manera persistente. 

La cirugía es generalmente considerada como un último recurso, especialmente para las mujeres que aún se encuentran en periodo fértil.  Después de la histerectomía la paciente ya no puede quedar embarazada.