No existe cura para la enfermedad de Behçet. Si los signos y síntomas de la enfermedad son leves, el médico puede ofrecer medicamentos para controlarlas erupciones temporales del dolor y la inflamación. Si los signos y síntomas son más severos, el médico puede recomendar medicamentos sistémicos para controlarlos en todo el cuerpo, además de los medicamentos para las erupciones temporales. Varios factores, incluyendo la edad y el sexo pueden influir en el tratamiento específico que recomiende el médico.

–        Tratamientos para los signos y síntomas individuales

La enfermedad de Behçet puede aparecer y desaparecer por sí sola en períodos de brotes y remisiones. El médico controlará cualquier signo o síntoma que experimente durante las erupciones con medicamentos como:

• Cremas, geles y pomadas: Los medicamentos tópicos se aplican directamente en las lesiones cutáneas y genitales con el fin de reducir la inflamación y el dolor. Este tipo de medicamentos contienen generalmente un fármaco corticosteroide que reduce la inflamación o un anestésico para aliviar el dolor
• Enjuagues bucales: Enjuagues bucales especiales que contienen corticosteroides y otros agentes para reducir el dolor de llagas en la boca pueden aliviar el malestar
• Gotas para los ojos: Gotas para los ojos que contienen corticosteroides u otros medicamentos anti-inflamatorios pueden aliviar el dolor y enrojecimiento en los ojos si la inflamación es leve

–        Tratamientos sistémicos

Los casos severos de la enfermedad de Behçet requieren tratamientos para controlar los daños causados por la enfermedad entre las erupciones. Si la enfermedad es de moderada a severa,  el médico puede recetar:

• Corticosteroides para controlar la inflamación: Corticosteroides como la prednisona, en combinación con otros medicamentos, pueden reducir la inflamación causada por la enfermedad de Behçet. Los signos y síntomas de la enfermedad tienden a repetirse cuando los corticosteroides se usan solos, por lo que a menudo los médicos los prescriben con otro medicamento para suprimir la actividad del sistema inmune (inmunosupresores). Los efectos secundarios de los corticosteroides incluyen aumento de peso, acidez estomacal persistente, presión arterial alta y adelgazamiento de los huesos (osteoporosis)
• Medicamentos que suprimen el sistema inmune: Los medicamentos inmunosupresores suprimen el sistema inmunológico, que reacciona de forma exagerada en la enfermedad de Behçet. Al detener los ataques del sistema inmunitario a los tejidos normales y saludables del organismo, los fármacos inmunosupresores reducen la inflamación que causa el sistema inmune. Los medicamentos inmunosupresores que pueden desempeñar un papel en el control de la enfermedad de Behçet son azatioprina, ciclosporina y ciclofosfamida. Puesto que estos medicamentos suprimen las acciones del sistema inmune, pueden aumentar el riesgo de infección. Otros posibles efectos secundarios incluyen problemas en el hígado y el riñón, recuentos de células sanguíneas y presión arterial alta
• Medicamentos que regulan el sistema inmune: El interferón alfa-2b regula la actividad del sistema inmune para controlar la inflamación. Puede ayudar a controlar las úlceras de la piel, el dolor en las articulaciones y la inflamación de los ojos. Los efectos secundarios incluyen síntomas similares a la gripe, dolor muscular y fatiga. El interferón alfa-2b puede combinarse con otros medicamentos. Recientemente,  estudios han sugerido que los medicamentos que bloquean una sustancia llamada factor de necrosis tumoral, como el infliximab y etanercept, pueden ser eficaces en el tratamiento de algunas de las manifestaciones de la enfermedad de Behçet

Otros fármacos que se han utilizado para tratar la enfermedad de Behçet incluyen la colchicina y el metotrexato.