En la actualidad las causas de la enfermedad de Bowen son desconocidas. En muchos casos, la causa se puede sospechar, aunque sin un correcto conjunto de pruebas el diagnóstico puede ser erróneo.

En ocasiones se relaciona con la exposición al arsénico. Más comúnmente se relaciona con el sol. Pero como es obvio que se produce en las zonas no expuestas habitualmente al sol, esto no es la única causa.

Un tipo de enfermedad de Bowen se llama papulosis bowenoide. Esto se asocia con la infección con un tipo de virus de las verrugas genitales llamado HPV-16. Este es uno de los tipos de virus que también se asocia con el cáncer de cuello de útero y el cáncer del pene.