Hay tres fases relacionadas con la infección:

• Fase aguda: Dura aproximadamente dos meses, con síntomas inespecíficos de fiebre baja, dolor de cabeza, fatiga y agrandamiento del hígado o del bazo
• Fase indeterminada: Dura 10-20 años, durante los cuales no se presentan síntomas, pero los parásitos se reproducen en varios órganos
• Fase crónica: Es la etapa cuando comienzan los síntomas relacionados con el daño a los órganos principales (corazón, esófago, colon)

En la fase crónica, las irregularidades del ritmo cardíaco, insuficiencia cardíaca y los coágulos de sangre causan debilidad, desmayos e incluso la muerte súbita.

Los síntomas del esófago están relacionados con la dificultad para tragar y dolor en el pecho. Debido a que el esófago no se vacía apropiadamente, regurgita la comida en los pulmones y causa tos, bronquitis y episodios repetidos de neumonía. La incapacidad para comer, la pérdida de peso y la malnutrición son factores importantes que afectan la supervivencia.

La participación del intestino grueso (colon) causa estreñimiento, distensión y dolor abdominal.