Como estos tumores son muy pequeños puede ser difícil encontrarlos, y la hipófisis puede dañarse durante el proceso. Si esto pasa (en el 10-20% de los casos) pueden verse afectadas otras hormonas de la hipófisis. Ya que la hipófisis controla la producción de hormonas tiroideas, los estrógenos en mujeres, la testosterona en los hombres, la hormona del crecimiento –además de la hormona adrenocorticotropa puede hacer falta terapia sustitutiva para estas otras hormonas. Además, si se daña la parte posterior de la hipófisis se puede perder la hormona antidiurética. Esta hormona es la responsable de la reabsorción de agua por los riñones, y sin ella los pacientes orinan frecuentemente y en grandes cantidades (diabetes insípida), pudiendo llegar a la deshidratación.

Ya que la hipófisis está rodeada por los nervios ópticos y las arterias carótidas, existe un mínimo riesgo de que esas estructuras se dañen (menos de un 1%).

Pero si esto pasara, se podrían sufrir pérdidas visuales o una hemorragia. La hipófisis está separada del líquido cefalorraquídeo por una membrana muy fina. Si esta membrana se daña durante la cirugía, puede filtrarse el líquido cefalorraquídeo y si esta filtración pasa desapercibida puede permitir la entrada de gérmenes y provocar meningitis, una infección grave. La mayoría de cirujanos extraen un poco de grasa abdominal y la usan como una barrera para prevenir que aparezca esta filtración. De todos modos, el riesgo de que esto pase es de aproximadamente el 1%. Como la hipófisis está relacionada con el balance de agua y sodio, éste también puede verse afectado transitoriamente por la intervención, por lo que el endocrinólogo controlará los niveles de sodio durante algunas semanas tras la cirugía. Todos estos riesgos se minimizan estando en manos de un cirujano con experiencia.

Hay diversas opciones si falla la cirugía transfenoidal inicial. A veces, se recomienda una segunda operación si no se encontró ningún tumor durante la intervención. Alternativamente, se puede considerar la irradiación de la hipófisis. Es necesario el control médico de los niveles de cortisol mientras se aguarda a ver los resultados de la irradiación. Finalmente, también se pueden extirpar las suprarrenales. Esto hace que el cuerpo deje de fabricar cortisol, y por tanto los síntomas de la enfermedad de Cushing mejoran, aunque el tumor hipofisario queda sin tratamiento. Además hay algunos medicamentos que, de forma transitoria, reducen la producción suprarrenal de cortisol y que pueden prescribirse antes de operar o mientras se espera el efecto de la radioterapia. La elección entre estas opciones requiere una discusión cuidadosa entre el paciente, el endocrinólogo y el cirujano.