Las causas que producen la enfermedad de fabry son causas hereditarias. Además de las causas hereditarias por mutaciones, se puede producir la enfermedad por mutación propia en el afectado, pero esto sucede en casos muy específicos.

Las mutaciones en el GLA gen causan la enfermedad de Fabry. El GLA gen contiene instrucciones para la fabricación de una enzima llamada alfa-galactosidasa A. Esta enzima se activa en los lisosomas, que son estructuras que sirven como centros de reciclaje dentro de las células.

La alfa-galactosidasa es responsable en parte de la degradación de una sustancia grasa llamada globotriaosilceramida. Las mutaciones en el gen GLA alteran la estructura y función de la enzima, evitando que se descomponga esta sustancia efectiva. 

Como resultado, globotriaosilceramida se acumula en las células de todo el cuerpo, particularmente las células que recubren los vasos sanguíneos en la piel y las células en los riñones, el corazón y sistema nervioso. 

La acumulación progresiva de esta sustancia daña las células, conduciendo a los variados signos y síntomas de la enfermedad de Fabry. Las mutaciones genéticas de GLA dan lugar a una ausencia de alfa-galactosidasa.

Cuando la actividad de conducir y destruir los mencionados desechos por parte del lisosoma se pierde por completo, se está padeciendo la forma grave de la enfermedad.

Las mutaciones que reducen pero no eliminan la actividad de la enzima suelen causar la versión más leve, de inicio en forma tardía de la enfermedad de Fabry afecta sólo al corazón o los riñones.