Para determinar si la enfermedad de Hirschsprung está presente, el médico del niño puede realizar alguna o varias de las siguientes pruebas:

• Rayos X abdominales: Si la enfermedad de Hirschsprung está presente, a medida que las heces se acumulan en el colon, los rayos X pueden revelar disminución de aire en el colon o en áreas en las que el colon se ha expandido más de lo normal
• Rayos X con un medio de contraste: Un enema de bario utiliza un medio de contraste para ayudar al médico a evaluar todo el colon con una radiografía. El bario u otro medio de contraste se introduce en el intestino en forma de enemas. El bario llena y  cubre el revestimiento del intestino, creando una silueta clara del colon y el recto. También se puede añadir aire para ofrecer un mejor contraste en las radiografías
• Medición del control de los músculos alrededor del recto: Una prueba de manometría se hace típicamente en niños mayores y adultos. Durante la prueba de manometría, el médico infla un globo en el recto. El músculo que lo rodea debe relajarse como consecuencia de ello. Si no es así, la enfermedad de Hirschsprung podría ser la causa
• Extracción de una muestra de tejido del colon para una prueba: La biopsia es un procedimiento que consiste en extraer una muestra de tejido para pruebas de laboratorio. Una muestra de la biopsia se puede obtener mediante un dispositivo de succión y se realiza de forma ambulatoria, lo que significa que no requiere hospitalización