El tratamiento para la enfermedad de Lyme consiste en una terapia de antibióticos. Si un niño presenta serios indicios de la enfermedad de Lyme (síntomas e historial médico), el médico probablemente comenzará el tratamiento en la presunción de tiene esta enfermedad.

Los beneficios del tratamiento precoz deben ser sopesados contra el riesgo de un tratamiento excesivo. Cuanto más tiempo está enfermo un paciente con la enfermedad de Lyme antes del tratamiento, mayor será el curso de la terapia y el tratamiento más agresivo. El desarrollo de organismos oportunistas puede producir otros síntomas. Por ejemplo, después de la terapia antibiótica a largo plazo, los pacientes pueden ser más susceptibles a infecciones por cándidas. El tratamiento también puede estar asociado a reacciones adversas a medicamentos.