Signos y síntomas gastrointestinales son comunes a la enfermedad de Whipple y pueden ser:

• Diarrea
• Calambres abdominales y dolor, que tiende a empeorar después de las comidas, en algunos casos
• La pérdida de peso, asociado a la mala absorción de nutrientes

Otros signos y síntomas frecuentes asociados con la enfermedad de Whipple se incluyen:

• Inflamación de las articulaciones, especialmente de los tobillos, las rodillas y las muñecas
• La fatiga
• Debilidad
• La anemia

Los signos y síntomas menos comunes. En algunos casos, los signos y síntomas de la enfermedad de Whipple pueden ser:

• Fiebre de bajo grado
• Tos
• Inflamación de los ganglios linfáticos
• Oscurecimiento de la piel (hiperpigmentación) en zonas expuestas al sol y las cicatrices
• Molestia al respirar, debido a la inflamación de las membranas que recubren los pulmones (pleuritis)
• Los soplos cardíacos
• Agrandamiento del bazo

Los signos neurológicos y síntomas pueden incluir:

• Dificultad para caminar
• La deficiencia visual, incluyendo la falta de control de los movimientos oculares
• Convulsiones
• Confusión
• Pérdida de la memoria

Los síntomas tienden a desarrollarse lentamente durante un período de muchos años en la mayoría de las personas con esta enfermedad.

La enfermedad de Whipple es potencialmente mortal, pero tratable. Es imprescindible acudir al médico si se experimentan signos o síntomas inusuales, tales como pérdida de peso inexplicable o dolor en las articulaciones. 

El médico puede realizar pruebas para determinar la causa de los síntomas. Incluso después de la infección se diagnostica y que está recibiendo el tratamiento, informar de manera periódica al médico si los síntomas no mejoran. A veces la terapia con antibióticos no es eficaz porque las bacterias son resistentes a la droga en particular que está tomando. La enfermedad puede reaparecer, por lo que es importante estar pendiente de la reaparición de los síntomas.