Sin tratamiento, la enfermedad del sueño produce la muerte. Desafortunadamente, los medicamentos eficaces contra el complejo protozoario del Trypanosoma brucei, tienen graves efectos secundarios potenciales para el paciente. Suramina, eflornitina, pentamidina, y otros fármacos que contienen arsénico (que en dosis más altas es muy venenoso para el ser humano), son los agentes eficaces para luchar contra los tripanosomas. Cada uno de estos medicamentos requiere de un control exhaustivo para asegurar que los medicamentos en sí no causan complicaciones graves, como una hipersensibilidad alérgica mortal, daños a los riñones o al hígado o inflamación del cerebro.