Las complicaciones de la enfermedad de Crohn son las siguientes:

• Úlceras: En cualquier punto de  tubo digestivo,  desde  la  boca  al   ano, aunque la mayoría se localizan en la porción   más   distal   del    intestino delgado (íleon) y en el colon
• Fístulas: (Comunicaciones anormales como  consecuencia del   proceso erosivo de una úlcera) entre dos segmentos del tubo digestivo o entre el tubo digestivo y la piel. Las fístulas entre dos segmentos del tubo  digestivo pueden funcionar como  un cortocircuito  o  atajo  que  elude para  los alimentos áreas donde se produce normalmente la absorción de sus nutrientes, y las fístulas entre un segmento del intestino y  la  piel como  una salida al  exterior del contenido intestinal
• Obstrucción intestinal: debido al engrosamiento de las paredes intestinales
• Fisuras: (Grietas) en el ano o en la piel que rodea al ano
• Malnutrición: (Mal estado de  nutrición), debido a  la  diarrea y  al  dolor abdominal cólico  que dificulta comer y  a  la  pérdida de  capacidad de absorción del tubo digestivo
• Otras complicaciones sistémicas, no intestinales, de la enfermedad de Crohn son la artritis, la iritis (inflamación del iris ocular), el eritema nodoso (en la piel) y la inflamación de los conductos biliares (colangitis esclerosante)

La complicación más  característica  de  la  colitis ulcerosa es el llamado megacolon tóxico: el colon se paraliza, por lo que se detiene el paso de las heces y los gases a lo largo de su luz, lo que da lugar a dolor abdominal agudo, fiebre y grave alteración del estado general del paciente. Sin tratamiento en el momento oportuno, el colon termina por romperse y provocar una peritonitis de pronóstico muy grave.

Tanto en la colitis ulcerosa como en la enfermedad de Crohn se incrementa el riesgo de desarrollar un cáncer de colon.