La epididimitis es más común en hombres jóvenes de 19-35 años.

Generalmente  se produce por la propagación de una infección de la uretra o la vejiga. Las infecciones más comunes que causan esta afección en hombres jóvenes son gonorrea y clamidia. En niños y hombres mayores son más comunes las infecciones por E. coli.

La bacteria Mycobacterium tuberculosis también puede causar una epididimitis. Otras bacterias (como la Ureaplasma urealyticum) también pueden causar esta condición.

Otra causa de epididimitis es el uso del medicamento amiodarona, que previene los ritmos cardíacos anómalos.

Los siguientes factores incrementan el riesgo de epididimitis:

• Estar circuncidado
• Cirugía reciente o antecedentes de problemas estructurales en el tracto urinario
• Uso regular de un catéter uretral
• Relaciones sexuales con más de una pareja y no usar condones