La mayoría de los niños con espasmos infantiles suelen tener un retraso ​​mental en el futuro. Aquellos cuyos espasmos están relacionados con lesiones o un trastorno cerebral subyacente en el desarrollo tienen mayor probabilidad de retraso de moderada a grave. El panorama es prometedor para aquellos que se estaban desarrollando con normalidad antes de comenzar los espasmos: del 10% a 20% de ellos presentará una función mental normal y otros pueden verse sólo levemente afectados. Algunos niños con espasmos infantiles desarrollar autismo. Muchos médicos creen que cuanto más rápido se controlen los ataques, mejor serán los resultados.

Cuando los espasmos cesan, muchos niños desarrollan posteriormente otros tipos de epilepsia. Alrededor de la quinta parte de los niños que han tenido espasmos infantiles tienen el síndrome de Lennox-Gastaut.