El pronóstico para las personas con esclerodermia varía. Algunos tienen una forma muy limitada de la enfermedad llamada morfea, que sólo afecta a la piel. Estos individuos tienen un pronóstico muy bueno. Otras personas tienen un subtipo de la esclerodermia sistémica llamada esclerodermia limitada. Para ellos, el pronóstico es relativamente bueno. La esclerodermia limitada se caracteriza por una participación limitada en la piel y un grupo de cinco síntomas llamado el síndrome de CREST (C= calcinosis; R= fenómeno de Raynaud; E= rigidez y malfuncionamiento del esófago; S=  esclerodactilia –piel gruesa, dura y rígida sobre los dedos) y T= Telangiectasia – dilatación de pequeños capilares y de vasos superficiales).

En general, las personas con la enfermedad muy extendida en la piel tienen el peor pronóstico. Este nivel de la enfermedad suele ir acompañada de la participación de otros órganos y complicaciones más graves. Aunque  la esclerodermia afecta más a las mujeres, los hombres mueren con más frecuencia de la enfermedad. Las causas más comunes de muerte son el corazón, los riñones y enfermedades pulmonares. Alrededor del 65% de los pacientes sobreviven 10 años o más después de un diagnóstico de esclerodermia.