Los niños con esclerosis tuberosa leve generalmente se recuperan, sin embargo el pronóstico para niños con retraso mental severo o convulsiones incontrolables generalmente es desalentador. A veces cuando un niño nace gravemente afectado y se examinan los padres, se descubre que uno de ellos tiene un caso leve de esclerosis tuberosa, no diagnosticado.

 Los tumores en esta enfermedad tienden a ser benignos, aunque algunos tumores (como los tumores en el riñón o en el cerebro) pueden convertirse en cancerosos.