Los problemas que causan esofagitis por lo general responden al tratamiento.

Si no se trata, la esofagitis puede causar graves molestias, dificultad para deglutir hasta el punto de originar desnutrición o deshidratación y cicatrización final del esófago. Esta cicatrización puede llevar a un estrechamiento del esófago que puede impedir que los alimentos o los medicamentos lleguen al estómago.

Tras años de reflujo se puede desarrollar la enfermedad llamada esófago de Barrett. Excepcionalmente el esófago de Barrett produce cáncer del esófago.