El esófago de Barrett es causado por la enfermedad por reflujo gastroesofágico que permite que el contenido del estómago dañe las células que recubren la parte inferior del esófago.

Sin embargo, no todas las personas con la enfermedad por reflujo gastroesofágico desarrollan  esófago de Barrett. Los investigadores hasta ahora han sido incapaces de predecir qué personas con acidez estomacal  desarrollarán esófago de Barrett.

Si bien no existe una relación entre la gravedad de la pirosis y el desarrollo de esófago de Barrett, existe una relación entre la acidez estomacal crónica y el desarrollo de esófago de Barrett. A veces, las personas con esófago de Barrett no tienen ningún síntoma de acidez. En casos raros, el daño al esófago puede ser producido por la ingestión de una sustancia corrosiva, como la lejía.