El tratamiento y seguimiento del esófago de Barrett depende de los resultados de las biopsias. El tratamiento de primera línea está dirigido a detener la entrada de ácido del estómago en el esófago y dar al revestimiento del esófago la oportunidad de curar.

Se utilizan dos categorías de medicamentos para evitar que el estómago produzca ácido: Los bloqueadores de histamina H2, como cimetidina, ranitidina y nizatidina. Inhibidores de la bomba de protones, como omeprazol y lansoprazol.

Suele ser necesaria una terapia de por vida para controlar la enfermedad por reflujo gastroesofágico y dosis superiores a la normal de estos medicamentos para los pacientes con esófago de Barrett.