El pronóstico para la resolución de la estomatitis se basa en la causa del problema. Muchas úlceras bucales son benignas y se resuelven sin tratamiento específico. En el caso de la estomatitis herpética, la recuperación completa tarda unos diez días sin ningún tipo de intervención médica. El aciclovir oral puede acelerar la recuperación. La mayoría de los niños tienen molestias mínimas por estomatitis aftosa, porque los ataques suelen ser poco frecuentes y duran sólo unos días.