El tratamiento de la estomatitis se basa en el problema que la causa. Para todos los tipos es fundamental la limpieza local y una buena higiene bucal. Los alimentos con aristas cortantes deben evitarse. Se debe utilizar un cepillo de cerdas suaves y los dientes y las encías se deben cepillar cuidadosamente. Si cepillarse los dientes es muy doloroso, el niño debe enjuagarse la boca con agua después de cada comida.

–        Tratamiento para la estomatitis herpética

La parte más importante del tratamiento es que los niños beban lo más posible. Líquidos, como jugo de manzana, gelatina o caldo tibio son los más fáciles de beber. Chupar un helado o un sorbete puede calmar el dolor. Deben evitarse los jugos cítricos y los alimentos salados o muy picantes. En caso de enfermedad grave, el médico puede utilizar líquidos intravenosos para prevenir la deshidratación. El acetaminofeno puede ser usado si hay fiebre superior a 38.3ºC y para calmar el dolor. Los medicamentos que adormecen la boca, como la lidocaína viscosa o los anestésicos tópicos sólo alivian por breve tiempo y al adormecer la boca pueden provocar que el niño siga perjudicando los tejidos dañados sin darse cuenta. Los antibióticos no son de ayuda en el tratamiento de la estomatitis herpética, sin embargo, si el caso es particularmente grave, el médico puede recetar un medicamento antiviral como el aciclovir, que si se administra al inicio del brote, puede ayudar a aclarar las cosas con mayor rapidez.

–        Tratamiento para la estomatitis aftosa

El tratamiento médico por lo general no es necesario, a menos que las úlceras sean graves. La tetraciclina no suele ser recetada a niños hasta que le hayan salido todos los dientes permanentes, ya que puede decolorar irreversiblemente los dientes que aún se están formando. Evite los alimentos calientes o condimentados para minimizar las molestias. Lave la boca con agua salada o con enjuagues bucales. Se pueden aplicar medicamentos tópicos en la zona ulcerada para reducir la molestia y calmar la zona. Para prevenir las infecciones bacterianas los padres deben alentar a sus niños a cepillarse los dientes y usar hilo dental con regularidad.