Los patógenos más comunes causantes de la faringoamigdalitis son los estreptococos del grupo A beta-hemolítico (EBHGA), adenovirus, Haemophilus influenzae, Haemophilus parainfluenzae, virus de Epstein-Barr y enterovirus. Aunque el riesgo de infección también depende de las condiciones ambientales (exposición, temporada, ubicación geográfica) y las variables individuales (edad, resistencia, inmunidad), la identificación del agente subyacente específico es de suma importancia para la selección de la terapia adecuada, lo que asegura una rápida recuperación y previene las complicaciones. Sin embargo, en muchos casos no se puede determinar el patógeno culpable o la participación de un patógeno potencial sigue siendo incierta.