Por lo general las faringoamigdalitis víricas no tienen complicaciones y se curan por sí solas en pocos días. Un tipo especial es la mononucleosis infecciosa, producida por el virus de Epstein-Barr, que presenta fiebre alta, amígdalas con placas blanquecinas y grandes ganglios cervicales. Suele aparecer con decaimiento, falta de apetito y agrandamiento del hígado y del bazo. El tratamiento con ciertos antibióticos puede provocar la aparición de una erupción en la piel, parecida al sarampión.

Si no se trata de forma adecuada, la faringoamigdalitis estreptocócica puede producir, en algunos casos, complicaciones como fiebre reumática y glomerulonefritis aguda (una afectación del riñón). Sin embargo, actualmente estas complicaciones son raras. Un tipo particular de faringoamogdalitis estreptocócica es la escarlatina, en la que, además de las petequias en el paladar (muy típicas de este trastorno), aparece una erupción caracterizada por el enrojecimiento facial que respeta la zona naso-labial (aspecto de cara abofeteada) y pequeñas manchas en el tronco, como pequeños puntitos rojos rasposos al tacto, a veces más palpables que visibles y que tienden a tener un color más intenso en los pliegues de la piel como las axilas o las ingles.