El diagnóstico de la faringoamigdalitis se efectúa mediante los síntomas y la exploración física de la garganta. El diagnóstico microbiológico es de gran importancia para distinguir una faringoamigdalitis vírica de una bacteriana, ya que la evolución, el tratamiento y las posibles complicaciones varían. En este caso, el valor de los síntomas es limitado. El único diagnóstico definitivo se hace mediante el cultivo de los gérmenes de la garganta, pero mientras se recibe el resultado, generalmente se comienza el tratamiento.

Como , la edad del paciente y los síntomas pueden orientar suficientemente el diagnóstico del médico, no siempre es necesario realizar el análisis de la garganta (frotis faríngeo).