La enfermedad comienza entre las 12 horas y los 5 días después del contagio.

–        Faringoamigdalitis vírica

Empieza gradualmente, con una fiebre por lo general de menos de 39°C, dolor de garganta y pequeños ganglios en el cuello. Generalmente aparecen otros síntomas como mucosidad nasal, tos y enrojecimiento de los ojos. Al examinar la garganta se percibe el enrojecimiento y pueden estar presentes secreciones purulentas (placas).

–        Faringoamigdalitis bacteriana o estreptocócica

Suele empezar de forma brusca, con fiebre más alta que la faringoamigdalitis vírica (más de 39°C), aumento de los ganglios del cuello y empeoramiento del estado general del paciente. Generalmente se presenta con dolor de cabeza, náuseas, vómitos y dolor abdominal. Al examinar la garganta, se ve muy enrojecida, a veces con puntitos rojos hemorrágicos (petequias) y las amígdalas pueden estar cubiertas de placas blanquecinas.