En algunos casos la fibrilación auricular requiere tratamiento de emergencia para devolver el corazón al ritmo normal. Este tratamiento puede implicar cardioversión eléctrica o intravenosa de medicamentos como dofetilida, amiodarona o ibutilida, necesarios para evitar que el pulso sea demasiado rápido.

Algunos pacientes con fibrilación auricular, frecuencias cardíacas rápidas e intolerancia a la medicación, pueden necesitar un procedimiento con catéter en las aurículas denominado ablación por radiofrecuencia.

Otros pueden necesitar que la ablación con radiofrecuencia se haga directamente en el área que normalmente filtra los impulsos provenientes de las aurículas antes de pasar a los ventrículos. Esta ablación lleva a un bloqueo cardíaco completo y debe ser tratada con un marcapasos permanente.