Las complicaciones más frecuentes son infecciones respiratorias crónicas (neumonía, bronquitis y bronquiectasias, una anormal dilatación de los bronquios que dificulta la limpieza espontánea de las vías aéreas y propicia las infecciones bronquiales y pulmonares). 

El moco espeso y pegajoso bloquea las vías aéreas y se convierte en un perfecto caldo de cultivo para las bacterias. El germen más frecuentemente implicado es la Pseudomona aeruginosa.

Aunque los antibióticos pueden reducir la frecuencia y la intensidad de las infecciones, las bacterias nunca son completamente erradicadas de las vías respiratorias en la FC. 

Los pacientes con FC pueden sufrir hemorragias a partir de los pulmones (hemoptisis) o un colapso pulmonar por el  desarrollo de  un neumotórax (una situación creada cuando la superficie del pulmón filtra aire a través de un pequeño orificio que se expande por  la virtual cavidad pleural, convirtiéndola en real y  colapsando el pulmón). 

La fibrosis cística puede ocasionar diarreas crónicas y graves deficiencias nutricionales, debido a que las secreciones espesas obstruyen los conductos del páncreas, evitando que sus fermentos o enzimas (proteína  que en cantidades mínimas tiene la capacidad de acelerar la velocidad de una reacción biológica, pero sin intervenir directamente en ella) que digieren las grasas y las proteínas lleguen al intestino, con lo que el organismo no absorbe las vitaminas A, D, E y K.

La FC afecta al páncreas, por lo que, debido a que el páncreas controla el nivel de azúcar (glucosa) de la sangre, alrededor del 7% de  los individuos que  padecen  FC pueden desarrollar una diabetes  tipo  2. 

Por  otro lado, a causa de sus secreciones espesas, los conductos biliares son bloqueados y puede desarrollarse a la larga una cirrosis.

La FC también afecta al sistema reproductor; por el bloqueo del conducto deferente (que conecta a los testículos y la glándula prostática) muchos hombres con FC son infértiles. Aunque  las mujeres con FC  pueden ser menos fértiles que las otras mujeres, pueden concebir y tener hijos.