Los signos y síntomas de la fibrosis cística varían según la gravedad de la enfermedad. Por ejemplo, unos niños pueden tener problemas respiratorios sin problemas digestivos, mientras que otros pueden sufrir ambos problemas. También varían con la edad.

En los recién nacidos, el primer signo puede ser un bloqueo de los intestinos conocido como íleo meconial. Ocurre cuando el meconio (las heces de color verde oscuro que normalmente elimina el recién nacido el primer o  el segundo día después de nacer) son tan espesas que no pueden avanzar por el intestino.

Los signos y síntomas de la FC en niños y jóvenes adultos son los siguientes:

• Sabor salado de la piel: los niños con FC tienen de dos a cinco veces más sal (cloruro sódico) en el sudor. Puede ser uno de los primeros signos que los padres detectan cuando besan a su hijo.
• Bloqueo intestinal. Heces malolientes y grasas
• Retraso del crecimiento
• Expectoración espesa. Puede pasar desapercibido este signo porque los niños tienden a tragarse la expectoración
• Tos o dificultades ruidosas al respirar 
• Neumonías, bronquitis y sinusitis repetidas
• Pólipos nasales
• Crrosis hepática debida a la inflamación y obstrucción de las vías biliares. Invaginación intestinal en niños mayores de 4 años
• Prolapso rectal: salida del recto a través del orificio anal
• Dedos en palillo de tambor