El procedimiento quirúrgico y el plan de tratamiento individual dependerán de la ubicación y la complicidad de la fístula anal.

Los objetivos del tratamiento son los siguientes:

• Curar la fístula con el menor impacto posible en los músculos del esfínter
• Aliviar los síntomas
• Evitar que afecten el vaciado del intestino
• Evitar la reinfección

El cirujano encuentra el orificio interno de la fístula, corta el canal, raspa y limpia el contenido y aplana el absceso cosiendo sus partes a los lados de la incisión.

Para tratar una fístula más complicada el cirujano puede  abrir sólo el segmento donde se unen los canales y eliminar el resto de los canales.

Puede ser necesario realizar la operación en dos etapas si se debe cortar una cantidad significativa de músculo del esfínter o si no se puede encontrar el canal completo.

–        Colgajo de recto

A veces, para reducir la cantidad de esfínter muscular a cortar, el cirujano puede extirpar el tracto y cortar una parte en la pared rectal para acceder y eliminar el orificio interno de la fístula. El colgajo se sutura hacia abajo.

–        Colocación de un setón-guía

El cirujano utiliza hilo de seda o cinta de goma para:

• Crear un tejido cicatrizal alrededor de la parte del músculo del esfínter antes de cortar
• Permitir que el hilo recorra poco a poco todo el camino a través del músculo durante varias semanas

El sedal se utiliza a menudo para ayudar a drenar la fístula.

–        Cola de fibrina y tapón de colágeno

En algunos casos, el cirujano puede utilizar pegamento de fibrina, a base de proteínas plasmáticas, para sellar y curar una fístula en lugar de cortar y abrir. El médico inyecta el pegamento a través de la apertura externa después de despejar las vías y cose la apertura interna para cerrarla. El trayecto de la fístula anal también puede ser sellado con un tapón de proteína del colágeno y cerrarse a continuación.

–        Ligadura de trayecto de la fístula interesfinteriano

Es un nuevo tratamiento que se realiza para las fístulas más complejas y profundas que no pueden ser tratados con una fistulotomía simple. El primer paso consiste en colocar un sedal en el tracto de la fístula. Varias semanas más tarde, cuando el trayecto haya espesado, el cirujano divide el tracto de la fístula sin dividir el músculo y cierra el orificio fistuloso interno.

–        Ostomía/estoma

El cirujano crea una abertura temporal en el abdomen para desviar los desechos (que se recogen en una bolsa) y permite que el tiempo sane la zona anal.

–        Colgajo muscular

En fístulas anales muy complejas, la zona comprendida entre las dos aberturas de la fístula se rellena con tejido muscular sano que se recoge de los muslos, los labios o de los glúteos.