Destacan los agentes bacterianos Salmonella, Campylobacter, y Shigella en adultos y en niños los virus son los principales agentes productores: Los rotavirus son los más frecuentes, seguidos del virus Norwalk y en menor grado adenovirus, calicivirus, astrovirus, coronavirus, y virus sincitial respiratorio. También en niños aparecen Campylobacter y Giardia lamblia.

Los agentes infecciosos responsables varían en función del área geográfica y la población afectada, así como en determinadas situaciones:

• Diarrea del viajero: El agente productor más frecuente es el Escherichia Coli enterotoxigénico, seguido de Shigella y Salmonella
• Toxiinfecciones alimentarias: Salmonella, Staphylococus aureus, y Clostridium botulinum
• Pacientes inmunodeprimidos: además de los agentes bacterianos más frecuentes, también se encuentran: Aeromonas, Clostridium difficile, Giardia lamblia, Entamoeba histolytica, Cryptosporidium e Isospora belli
• Trasplantados de médula ósea: Virus y Clostridium difficile
• Leucemias y otras neoplasias: Salmonella, que produce sepsis con cierta frecuencia
• Varón homosexual: Presentan con gran frecuencia proctitis, con vía de transmisión a partir de microlesiones de la mucosa, que facilitan la aparición de la enfermedad sistémica (síndrome del intestino gay) por los agentes típicos de gastroenteritis aguda, y por otros como virus herpes simple, gonococo, Treponema pallidum, y Chlamydia trachomatis

La infección se adquiere por vía oral a partir de un enfermo, de un portador asintomático o de un reservorio animal; con transmisión de forma directa, a través de alimentos contaminados o de vectores.

Puede aparecer como un caso esporádico o en brotes, con mayor frecuencia durante el verano. Los cuadros esporádicos son debidos a cualquiera de los agentes citados anteriormente, pero los brotes suelen ser producidos por Salmonella o por toxinas estafilocócicas preformadas.

Existen tres mecanismos de producción de las manifestaciones clínicas:

• Síntesis de toxinas
• Invasión directa de la mucosa intestinal
• Mecanismo mixto o no preciso