Es una inflamación de la mucosa gástrica (del estómago) y del intestino debido a un agente infeccioso (virus, bacterias…), tóxico, traumático, etc. Se suele manifestar con diarrea (consistencia líquida de las heces con aumento del número de las deposiciones), acompañado o no de náuseas, vómitos y de dolor abdominal.

La gastroenteritis pueden aparecer en forma de casos aislados o puede formar parte de un brote infeccioso (por salmonelosis, por ejemplo) con numerosos casos, en función del número de personas sometidas al agente causal (comidas infectadas en bodas, banquetes). Lo más frecuente es la forma en que aparecen casos aislados o esporádicos. Generalmente la enfermedad, cuando tiene un origen infeccioso, se contrae por vía oral, por la ingestión de agua o alimentos contaminados. 

Cuando la causa es infecciosa normalmente está producida por un virus, las infecciones por bacterias son menos frecuentes, otros microorganismos patógenos (parásitos…) pueden también producir gastroenteritis infecciosas, siendo estos últimos más frecuentes en entornos en los que la higiene es menor, siendo cada vez menos frecuentes en España. La gastroenteritis es una afección muy común en la infancia, aunque en el mundo occidental es raro que sea grave.

Muchos son los virus que pueden causar gastroenteritis, incluyendo rotavirus, norovirus, adenovirus, sapovirus y astrovirus. La gastroenteritis no viral es causada por bacterias (como Salmonella enterica o Escherichia coli), por parásitos (como Giardia lamblia) o por medicamentos u otros agentes médicos, aunque los síntomas pueden ser similares. Una visita al médico puede determinar si la diarrea es causada por un virus o por otras causas.