El pronóstico general de un bebé con gastrosquisis sin complicaciones extensas es muy bueno. La mayoría de las muertes se producen como consecuencia de un parto prematuro, infección y necrosis intestinal. La evolución clínica no se correlaciona con el tamaño de la hernia o con el tiempo conocido de exposición al líquido amniótico. Aunque el índice de supervivencia es alto, la estancia hospitalaria suele ser muy larga con complicaciones. Si los intestinos sufrieron daños por la exposición al líquido amniótico o por torsión, entonces el pronóstico es de menor calidad. Las complicaciones que influyen negativamente en el pronóstico incluyen daño intestinal, bebés prematuros, restricción del crecimiento fetal y el acortamiento del tubo digestivo secundario a la irritación. El diagnóstico prenatal de gastrosquisis puede resolverse en el útero, causando la muerte de porciones de los intestinos. Esto puede resultar en una condición conocida como síndrome crónico de intestino corto con un pronóstico pobre, incluyendo problemas de diarrea, aumento lento de peso, deficiencias de vitaminas o minerales, y aumento de mortalidad. Se conocen algunos casos de resolución espontánea de la gastrosquisis y cierre de la hernia abdominal. La gastrosquisis también puede causar deformaciones de la vía urinaria del feto, dando lugar a un mal pronóstico.