Los pacientes con signos de sobrecarga de hierro suelen tratarse con una flebotomía, que consiste en la extracción de sangre del paciente para liberar al organismo del exceso de almacenamiento de hierro. Suele realizarse una o dos veces por semana durante un año; los siguientes años se realizarán flebotomías menos frecuentes para evitar la acumulación de exceso de hierro. Los pacientes que no toleran una flebotomía por otros problemas, pueden tratarse con deferoxamina y/o prescribiendo una restricción de la dieta que limite la cantidad de hierro ingerida, pero la dieta no previene ni trata la enfermedad. Las complicaciones de la hemocromatosis, (cirrosis o diabetes), también pueden requerir tratamiento. El tratamiento de la hemosiderosis pulmonar idiopática se basa en los síntomas.

La detección y el tratamiento precoz suelen tener un buen pronóstico. Todos los síntomas potenciales son prevenibles si los niveles de hierro se mantienen dentro del rango normal, lo cual es posible si el diagnóstico se realiza antes de que el paciente sea sintomático. Si un paciente es sintomático, pero tratado con éxito antes de que desarrolle cirrosis hepática, la esperanza de vida es casi normal. Si se deja sin tratamiento, pueden surgir complicaciones fatales: cáncer de hígado, cirrosis hepática, diabetes mellitus, insuficiencia cardíaca congestiva y dificultad para reducir la sobrecarga de hierro a través de la flebotomía. La biopsia hepática y las pruebas genéticas puede ser útil para determinar el pronóstico en pacientes más graves. Los hombres tienen el doble de posibilidades de las mujeres de desarrollar complicaciones graves.