Los síntomas asociados con el hermafroditismo dependen de la causa subyacente, pero por lo general son:

• Genitales ambiguos al nacer
• Micro-pene
• Clitoromegalia (agrandamiento del clítoris)
• Fusión labial parcial
• Testículos aparentemente no descendidos (que pueden resultar ser ovarios) en niños
• Masas labiales o inguinales que pueden llegar a ser los testículos en niñas
• Hipospadias (la abertura del pene no está en la punta; en las mujeres, la uretra se abre en la vagina)
• Genitales inusuales al nacer
• Anomalías electrolíticas
• Ausencia o retraso en la pubertad
• Cambios inesperados en la pubertad