Idealmente, un equipo de profesionales sanitarios con experiencia en hermafroditismo  trabajan juntos para entender y tratar al niño con hermafroditismo y para aconsejar y apoyar a toda la familia.

Los padres deben entender las controversias y cambios en el tratamiento del hermafroditismo en los últimos años. En el pasado, la opinión predominante era que lo mejor era asignar un género tan pronto como fuera posible, a menudo basándose en los genitales externos y no en el sexo cromosómico e instruir a los padres sobre no tienen ninguna ambigüedad en sus mentes en cuanto al género del niño. Se solía recomendar una cirugía inmediata. El tejido ovárico o testicular del otro sexo se eliminaba. En general, se consideraba más fácil reconstruir los genitales femeninos que los genitales masculinos funcionales, así que si la elección “correcta” no estaba clara, al bebé se le asignaba la condición de niña.

Recientemente la opinión de muchos expertos ha cambiado. Un mayor respeto por las complejidades del funcionamiento sexual femenino los ha llevado a la conclusión de que unos genitales femeninos incompletos pueden no ser intrínsecamente mejores que genitales masculinos incompletos, aunque la reconstrucción sea “más fácil”. Además, otros factores pueden ser más importantes en la satisfacción del género que unos genitales externos funcionales. Factores cromosómicos, neurales, hormonales, psicológicos y de comportamiento pueden influir en la identidad de género.

Actualmente muchos expertos instan a demorar la cirugía definitiva mientras sea posible y saludable y lo ideal sería que el niño participara en la decisión del género.

Claramente, el hermafroditismo es una cuestión compleja y su tratamiento tiene consecuencias a corto y largo plazo. La mejor respuesta dependerá de muchos factores, incluyendo la causa específica del hermafroditismo. Es mejor demorarse el tiempo necesario para entender los problemas antes de apresurarse a tomar una decisión.