Si la hidronefrosis no se trata, el aumento de la presión dentro del riñón puede disminuir la capacidad del riñón para filtrar la sangre, eliminar productos de desecho, y producen la orina, así como regular los electrolitos en el cuerpo. 

La hidronefrosis puede conducir a infecciones de los riñones, la sepsis, y en algunos casos, la pérdida de la función renal completa o la muerte. La función renal se empieza a disminuir de forma casi inmediata con el inicio de la hidronefrosis, pero es reversible si se resuelve la inflamación. 

Por lo general, los riñones se recuperan bien aun cuando hay una obstrucción que dura hasta 6 semanas. La hidronefrosis aguda término puede ser utilizado cuando después de la resolución de la inflamación del riñón, función renal vuelve a la normalidad. La hidronefrosis crónica puede ser usada para describir la situación en la que se pierde la función renal, incluso si la obstrucción y la hinchazón hayan desaparecido.