El objetivo del tratamiento para la hidronefrosis es reiniciar el libre flujo de la orina desde el riñón y disminuir la hinchazón y presión que se acumula y disminuye la función renal. La atención inicial del paciente para reducir al mínimo el dolor y la prevención de las infecciones del tracto urinario. De lo contrario, la intervención quirúrgica puede ser requerida.

El calendario del procedimiento depende de la causa subyacente de la hidronefrosis y hidrouréter y condiciones médicas asociadas que pueden estar presentes. Por ejemplo, los pacientes con una piedra en el riñón se puede permitir 1-2 semanas para pasar la piedra con sólo controlar el dolor de apoyo si el flujo de la orina no está completamente bloqueado por la piedra. 

Sin embargo, si el paciente desarrolla una infección o si sólo tiene un riñón, la intervención quirúrgica se puede realizar de forma urgente para retirar la piedra. Litotricia por ondas de choque es el tratamiento más común para los cálculos renales. 

Las ondas de choque desde fuera del cuerpo se dirigen al cálculo renal que causa la piedra a fragmentarse en pequeños trozos que son capaces de pasar por el tracto urinario en la orina.

Para los pacientes con retención urinaria y la vejiga ampliada como causa de la hidronefrosis, cateterismo vesical puede ser todo lo que se necesita para el tratamiento inicial. 

Para los pacientes con estenosis ureterales o piedras que son difíciles de retirar, un urólogo puede colocar un stent en el uréter, que evita la obstrucción y permite que la orina desde el riñón. 

El uso de un endoscopio de fibra óptica insertado a través de la uretra hasta la vejiga, el urólogo puede visualizar en el uréter entra y se pase el stent a través del uréter en la pelvis renal evitando cualquier obstrucción.