Aunque no se conoce con total seguridad como se desarrolla la enfermedad, lo que sí se sabe es que posee una gran carga genética. Por ello si se producen casos de la enfermedad en la familia es casi seguro que se volverán a repetir en generaciones posteriores.

Si la hipospadias está  presente en el nacimiento se denomina congénita y hace referencia a la carga genética antes mencionada. La razón exacta de este defecto se produzca posteriormente durante las etapas del desarrollo es desconocido. A veces la enfermedad se hereda.

A medida que el pene se desarrolla en un feto de sexo masculino, ciertas hormonas estimulan la formación de la uretra y el prepucio. La enfermedad se produce cuando se produce un fallo en la acción de estas hormonas, causando la uretra para el desarrollo anormal.