Esta condición es más común en niños con antecedentes familiares de hipospadias.

Algunas investigaciones sugieren que puede haber un mayor riesgo de hipospadias en varones recién nacido a las mujeres de edad avanzada o los que utilizaron la fertilización in vitro (FIV) para concebir. 

La conexión a la FIV puede ser debido a la exposición de la madre a la progesterona, una hormona natural, o progestina, una forma sintética de la progesterona, se administra durante el proceso de fecundación in vitro. 

Otra investigación, sin embargo, no ha confirmado una relación entre FIV e hipospadias, pero ha encontrado una asociación entre la exposición de la madre a los plaguicidas e hipospadias.