La holoprosencefalia alobar causa la muerte antes o poco después del nacimiento. La ciclopía o la formación de un solo ojo suele ocurrir junto con la ausencia de la nariz o con una nariz con una sola fosa nasal, o es sustituida por una probóscide (nariz pequeña, tubular) por encima o por debajo del ojo. Grados menos graves de holoprosencefalia causan retraso mental que puede ser leve o profundo. Los ojos pueden estar muy juntos, la nariz puede ser incorrecta y puede haber labio leporino (agenesia premaxilar).

Los niños que sobreviven al nacimiento, generalmente tienen deformidades faciales, espasticidad, convulsiones, problemas con la regulación de la temperatura del cuerpo, crisis de apnea (episodios de suspensión de la respiración), retraso psicomotor, trastornos del sueño, reflujo gastroesofágico y otros problemas.