No hay cura para la holoprosencefalia. Las formas graves son mortales. Para los niños con formas más leves, el tratamiento se dirige a los síntomas y no la enfermedad. Por ejemplo, medicamentos como el diazepam y el baclofeno pueden ser utilizados para la espasticidad moderada (contracción muscular involuntaria). La rizotomía dorsal (corte de las raíces del nervio espinal sensorial), suele aliviar el dolor intratable y también se puede utilizar para tratar la espasticidad. La dificultad para dormir, común en los niños con holoprosencefalia, puede aliviarse con diazepam, hidrato de cloral y la melatonina. El bajo tono muscular en el esfínter esofágico, que lleva a reflujo gastroesofágico, puede ser tratado con fármacos que aumentan la velocidad con la que el estómago y los intestinos pasan material y con antiácidos, que disminuyen la acidez del contenido estomacal y hacen que el reflujo gastroesofágico sea menos dañino. La atención emocional e intelectual debe ajustarse al grado de retraso en cada caso.