La intoxicación alimentaria es causada por la presencia de patógenos o ciertas sustancias químicas en los alimentos ingeridos. Las bacterias, virus, hongos, gusanos y protozoos que causan enfermedades son todos agentes patógenos, aunque también hay bacterias inofensivas y beneficiosas que se utilizan para hacer yogur y queso.

Algunas sustancias químicas que causan intoxicación alimentaria son componentes naturales de los alimentos, mientras que otros pueden ser accidentalmente añadidos durante la producción y/o el procesamiento, bien por descuido o por contaminación. Las principales causas de enfermedades transmitidas por alimentos son bacterianas (66%), químicas (26%), virales (4%) y parasitarias (4%).