Para prevenir la intoxicación alimentaria es muy importante: la limpieza, separar, cocinar y enfriar los alimentos debidamente.

Las manos y las superficies deben limpiarse con agua jabonosa caliente y los manipuladores de alimentos deben practicar una buena higiene personal y la preparación higiénica de los alimentos. Las frutas y verduras crudas deben lavarse a fondo evitar siempre la leche sin pasteurizar, latas abultadas y los alimentos que presenten signos de moho. Con el fin de evitar la contaminación cruzada, los alimentos crudos deben estar separados de los alimentos cocidos.

Los alimentos calientes deben mantenerse a más de 60ºC y los fríos a menos de 4,5ºC. Los alimentos que sobran deben calentarse a una temperatura de 73,5ºC antes de servir.

La carne picada debe cocinarse a más de 73,5ºC. La cocción a temperaturas y tiempo adecuados mata las bacterias dañinas que causan intoxicación alimentaria. Las bacterias se multiplican rápidamente entre 4,5ºC y 60ºC, sin embargo, la zona de peligro se encuentra entre los 15,5ºC y los 51,5ºC, ya que estas temperaturas permiten el rápido crecimiento de bacterias y la producción de toxinas por algunas bacterias. Por ello, los alimentos deben refrigerarse, ya que las temperatura fría evita el crecimiento y multiplicación de bacterias  dañinas. Se recomienda que los refrigeradores se mantengan 1ºC y 3,3ºC y que los congeladores se mantengan a 0ºC. La mayoría de las intoxicaciones alimentarias se producen por ignorancia o descuido de las personas que manipulan alimentos y por enfermedades que se pueden prevenir fácilmente.

En medio de las maravillas tecnológicas del siglo XXI, los especialistas en salud coinciden en que la forma más eficaz de prevenir la transmisión de enfermedades es lavándose las manos. Se cree que las manos sucias se cree que son responsables de una cuarta parte de las intoxicaciones alimentarias, incluyendo E. coli y la salmonella y son un medio importante de transmisión de meningitis, hepatitis y el resfriado común. Los estudios demuestran que los índices de infección en escuelas y guarderías se desploman tras el lanzamiento de campañas de lavado de manos. Los momentos más importante para lavarse las manos son después de usar el baño, manejar pañales, manipular alimentos crudos como pollo, estornudar o toser en la mano o estar en público. Mientras que los jabones anitbacteriales no se consideran más eficaces que los jabones regulares, los geles de alcohol en “desinfectantes para las manos” han recibido grandes elogios por su capacidad para eliminar los gérmenes.