La invaginación intestinal generalmente tiene un buen pronóstico. Algunos casos se resuelven por si solos, sin tratamiento y los casos que precisan tratamiento suelen resolverse mediante un enema. Sin embargo, si se tarda en administrar el tratamiento pueden aparecer complicaciones, principalmente un la perforación del intestino que necesita un procedimiento quirúrgico urgente.

Una vez tratada con éxito la invaginación, se corre un pequeño riesgo de reaparición, aproximadamente en un 10% de los casos resueltos con un enema.