La invaginación intestinal del bebé debe manejarse en un hospital con cirugía pediátrica, ya que pueden surgir complicaciones que requieran una cirugía urgente.

Generalmente, la mayoría de los casos se tratan con un enema de aire o líquido, una técnica radiológica en la que se introduce aire o líquido a presión a través del ano, mientras se controla la invaginación mediante rayos X o ecografía. La presión empuja hacia atrás el trozo de intestino invaginado, consiguiendo eliminar el problema. Hay un pequeño riesgo de que el intestino se perfore durante el procedimiento, por lo que debe haber un equipo quirúrgico.

Cuando la invaginación ha durado demasiado tiempo o cuando el estado general de salud del bebé se agrava, no se puede administrar el enema y entonces se lleva a cabo directamente el tratamiento quirúrgico.