Se desconoce la causa específica de la lengua geográfica, aunque la deficiencia de vitamina B parece estar implicada. Otras causas pueden ser una irritación por alimentos calientes o picantes o el alcohol. La afección parece ser menos común en fumadores.

Las manchas en la superficie de la lengua pueden cambiar rápidamente. Este cambio se produce cuando hay una zona sin papilas gustativas con aspecto de parches planos, que pueden permanecer durante más de un mes.