El pronóstico para los niños con linfoma de Burkitt es generalmente bueno, ya que este tipo de linfoma responde bien a la quimioterapia.

El pronóstico para los adultos depende de varios factores.

En los pacientes con SIDA, los factores que afectan el pronóstico son: el recuento de linfocitos CD4, la presencia de infecciones oportunistas (enfermedades definitorias del SIDA), la participación de la médula ósea, la propagación del linfoma allá de los ganglios linfáticos, la edad y la fuerza total del paciente. Un historial de infecciones oportunistas, un recuento de CD4 por debajo de 200, la edad superior a 35 y ser demasiado débil para caminar indican un mal pronóstico. La duración media de supervivencia de los pacientes VIH-positivos con el linfoma de Burkitt es de seis meses.