Debido al rápido índice de crecimiento tumoral en este linfoma, es importante comenzar el tratamiento tan pronto como sea posible después del diagnóstico. Los tumores voluminosos abdominales o en el pecho a veces se extirpan quirúrgicamente antes de que el paciente comience la quimioterapia.

Los niños con linfoma de Burkitt se tratan con quimioterapia y radioterapia. El medicamento que se usa más a menudo para tratar el linfoma endémico de Burkitt es la ciclofosfamida, que suprime el sistema inmunológico pero tiene efectos secundarios graves. Se puede administrar por vía oral o intravenosa. La radioterapia se usa para tratar los linfomas que afectan a la mandíbula y el área alrededor de los ojos. Los niños con linfoma esporádico de Burkitt se tratan con un ciclo corto de quimioterapia de alta dosis, por lo general ciclofosfamida en combinación con metotrexato, vincristina, prednisona y doxorrubicina. Para prevenir la propagación del linfoma al sistema nervioso central, la cabeza del paciente y la columna vertebral se pueden tratar con terapia de radiación y metotrexato intratecal. En la quimioterapia intratecal, el medicamento se inyecta directamente en el líquido cefalorraquídeo del paciente.

Los adultos con linfoma de Burkitt esporádico se tratan con una combinación de radioterapia y quimioterapia. Los adultos con SIDA por lo general reciben quimioterapia de dosis baja debido a que sus sistemas inmunológicos ya están dañados. Ellos no responden tan bien al tratamiento como los pacientes sin infección por el VIH.

Los nuevos métodos de tratamiento incluyen el trasplante de médula ósea o de células madre y los anticuerpos monoclonales (anticuerpos producidos por las células de ratón clonado cultivadas en un laboratorio). Un anticuerpo monoclonal, el rituximab, ha sido aprobado para el tratamiento de los linfomas no Hodgkin, incluyendo el linfoma de Burkitt. Los ensayos clínicos en Francia indican que el rituximab en combinación con la quimioterapia estándar mejora los índices de remisión y la supervivencia en pacientes de alto riesgo.