La causa no se conoce totalmente. Los cambios se cree que están asociados con las hormonas producidas por los ovarios, ya que usualmente disminuye con la menopausia, cuando aparecen los cambios de la función ovárica. Los cambios también pueden variar durante el ciclo menstrual.

La mastitis quística crónica estima que afecta a más del 60% de las mujeres. Es común en mujeres con edades entre 30 y 50 años y es poco frecuente en mujeres que han pasado por la menopausia. Es menos común en mujeres que toman píldoras anticonceptivas.

Los factores de riesgo incluyen antecedentes familiares de la enfermedad, una dieta alta en grasas y la ingesta excesiva de cafeína, aunque hay controversia con respecto a estos últimos.