Los tres gérmenes que con mayor frecuencia producen meningitis bacteriana son el Haemophilus influenzae tipo B, la Neisseria meningitidis, mejor conocida como meningococo y el Streptoccoccus pneumoniae, llamado comúnmente neumococo. Estas bacterias son habitantes normales de la garganta y la nariz de muchas personas y sólo en algunas ocasiones entran en el organismo pudiendo producir la enfermedad. Los tres microorganismos se transmiten por el aire y por contacto (tos, estornudos, besos, etc). 

Haemophilus influenzae normalmente sólo provoca meningitis en los niños pequeños (menores de 5 años), pues, con el crecimiento, el organismo “aprende” a defenderse frente a él. Se dispone de vacuna contra esta bacteria. 

El meningococo afecta sin embargo a personas de todas las edades, aunque principalmente a adolescentes y niños pequeños. Hay varias familias (serotipos) de meningococos; en España los más frecuentes son los conocidos como B y C. Este último era muy poco frecuente hasta hace unos años. Existen vacunas frente a casi todos los tipos de meningococo, pero no para el tipo B, que es el más frecuente.

El neumococo es otra bacteria causante en ocasiones de meningitis en niños pequeños (menores de 2 años), aunque con más frecuencia produce otro tipo de enfermedades como otitis, sinusitis y neumonías. Desde hace algunos años hay en el mercado una vacuna que protege contra varios tipos de neumococos. 

Los recién nacidos constituyen un grupo especial respecto a las meningitis, ya que se ven afectados por bacterias diferentes a las bacterias que afectan a niños más mayores y pueden no ser tan contagiosas para con otros bebés.

Los agentes causantes de la mayor parte de las meningitis víricas pertenecen al grupo de los enterovirus. Como se ha comentado, la enfermedad que producen suele curar sin secuelas. Puede presentarse en pequeños brotes o epidemias en el verano o el otoño, y se transmiten por las gotitas exhaladas durante la respiración o por contacto con materiales contaminados.