Si la micosis fungoide se detecta a tiempo, el pronóstico es muy bueno. Si el tratamiento se inicia durante la etapa IA, la mayoría de los pacientes pueden esperar vivir tanto como alguien de la misma edad y género que no tiene este tipo de cáncer. La media de supervivencia en la etapa IA es por lo menos de 20 años y la mayoría de personas mueren de enfermedades no relacionadas con el cáncer. La supervivencia global a los 5 años en la etapa I es del 80%-90%. En la etapa II, la supervivencia a cinco años es del 60%-70%.

A medida que se desarrollan los tumores y las células cancerosas se diseminan, el pronóstico empeora. La supervivencia a cinco años cae al 30% en la etapa IIB, al 40%-50% en la etapa III y al 25%-35% en etapa IV. Las células cancerosas pueden extenderse a casi cualquier órgano en las últimas etapas de la micosis fungoide. Una vez que esto ocurre, muchos pacientes mueren por complicaciones del cáncer, en particular por infecciones de la piel que se extienden por la sangre. En general, la mitad de los pacientes de micosis fungoide viven por lo menos 10 años después del diagnóstico de cáncer.